Das Mikrobiom ist die Gesamtheit aller Mikroorganismen, die in einer bestimmten Umgebung zu finden sind. Zum Mikrobiom gehören unterschiedlichste Organismen wie Bakterien, Viren, Pilze, Algen, mikroskopisch kleine Lebewesen und deren Ausscheidungen. Die Zusammensetzung im Mikrobiom verändert sich ständig. Je vielfältiger ein Mikrobiom, desto gesünder reagiert es auf Veränderungen.
Wir wissen von den Böden, Gewässern und auch den Darm-Mikrobiomen, dass dort überall reichlich Pathogene vorkommen, die aber innerhalb eines gesunden Milieus keinerlei Krankheitsrelevanz haben. Bis zu 14% aller Mikroben im menschlichen Darm stammen übrigens direkt vom verzehrten Obst und Gemüse!
Wie das Mikrobiom auch die Düngung beeinflussen kann, zeigt folgendes Beispiel: Der Mist von Kühen verrottet am besten auf Flächen, von denen die Tiere zuvor gefressen haben. Denn hier ist das mikrobielle Netzwerk optimal aufeinander abgestimmt. Diese Erkenntnis bestätigt einmal mehr, dass der im Ökolandbau angestrebte geschlossene Betriebskreislauf sinnvoll ist.
Wird das Mikrobiom gestört, z.B. durch Pestizide, vermehren sich einzelne Organismen stark und sorgen für ein Ungleichgewicht. So wurde ein rätselhaftes Rindersterben in Norddeutschland durch das Bakterium Clostridium botulinum verursacht. Es war lange unklar, warum es sich so stark vermehrte. Nun wurde nachgewiesen, dass Glyphosat gesundheitsfördernde Bakterien im Mikrobiom der Futterpflanzen abtötete und die so frei gewordenen Nischen von Botulismus-Keimen besiedelt wurden. Glyphosat wirkt in diesem Fall also nicht direkt als Gift, sondern indirekt – indem es das Bakteriengleichgewicht im Mikrobiom stört.